Гербарий состоит из двух секторов: сосудистых растений и низших растений, грибов и мохообразных. Является крупнейшим ботаническим хранилищем, представляющим флору Дальнего Востока России. Всего 556 тыс. единиц хранения, имеются типовая коллекция, цитологический гербарий, обменный фонд (161 тыс. коллекционных единиц) и демонстрационный материал. Зоологические коллекции Орнитологическая насчитывает более 7000 экземпляров птиц Дальнего Востока России, включая Приморский край, Сахалин и Южные Курильские осторова. Паразитологическая содержит более 14000 экземпляров, включая типовой материал, гельминтов морских и пресноводных рыб, птиц, млекопитающих из районов Дальнего Востока, северной и южной Пацифики. Зарегистрирована в Международной ассоциации зоологических музеев, имеет статус коллекции мирового значения. Фитонематодологическая включает 16000 экземпляров, 2000 из которых являются голотипами и паратипами новых для науки видов. Амфибиотических насекомых Дальнего Востока России содержит более 13000 экземпляров. Имеется типовой материал. Энтомологическая содержит более 800000 экземпляров насекомых Дальнего Востока и сопредельных территорий. Одна из крупнейших в России. Фонды включают типовой материал и сборы выдающегося дальневосточного ученого А.И.Куренцова. Териологическая насчитывает 15000 экземпляров млекопитающих Дальнего Востока, включая сборы с островов северной части шельфа тихоокеанского региона. Генетическая является единственной на Дальнем Востоке России, включает коллекцию хромосомных препаратов основных групп мелких млекопитающих бывшего СССР, образцы тканей и ДНК, в т.ч. редких и находящихся под угрозой исчезновения видов. Палеонтологические коллекции Палеозоологическая - общий коллекционный фонд более 400000 коллекционных единиц. Представлены ископаемыми беспозвоночными Евразии из основных геологических периодов истории Земли. Имеется типовой материал учебная коллекция, демонстрационный фонд. Палеоботаническая - самая представительная и богатая на Дальнем Востоке коллекция ископаемой флоры. Включает материалы Советско-Монгольской палеонтологической экспедиций, типовые экземпляры и эталонные для стратотипов коллекции. Несколько десятков тыс. единиц. Биотехнологические коллекции Клеточных культур жень-шеня, включая трансформированные и трансгенные линии и промышленные штаммы. Микрорастений, клеточных штаммов и культур ткани лекарственных растений Дальнего Востока, в т.ч .воробейника, кирказона, заманихи. Коллекция генов растений и плазмид, в т.ч. отсутствующих б других банках страны Вирусологические коллекции Фитопатогенных вирусов и штаммов, включает ангисыворотки к ним и тест растения. Вирозов дикорастущих растений - представлена живыми растениями с вирозами. Коллекция почв 50 почвенных разрезов, представляющие основные типы почв Дальнего Востока Коллекция семян высших сосудистых растений Дальнего Востока -2500 единиц хранения.