Проблема вида, видообразования и изолирующих механизмов вида; Хромосомная эволюция, роль перестроек хромосом в видообразовании; Молекулярные основы видообразования и дифференциации популяций; Природные гибридные зоны и их роль в эволюции; Генетика охраны природы, генетическое типирование редких и исчезающих видов; Генетические аспекты биологического разнообразия позвоночных животных, главным образом на Дальнем Востоке России; Приложение кариологических и молекулярных данных для таксономии; Влияние загрязнений окружающей среды на генетический аппарат животных.