Отдел существует с 1964 года, образовался из группы почвоведов, входящих в состав почвенно-ботанического отдела (до 1962 года). Вначале состоял из трех лабораторий: 1) почвоведения; 2) агрохимии и 3) физико-химии почв. В настоящее время состоит из двух лабораторий и одной структурной группы: 1) лаборатории почвоведения и экологии почв (зав. д. б. н. Н. М. Костенков), состоящей из 15 человек, из которых 11 научных сотрудников, в том числе 2 доктора и 5 кандидатов наук ; 2) лаборатории почвенных ресурсов (зав. к. с.-х. н. В. И. Ознобихин), в которую входят 12 человек, из которых 5 научных сотрудников, в том числе 3 кандидата наук; 3) группы микробиологии почв (зав. д. б. н. 3. И. Никитина), состоящей из 5 человек, в том числе 2 научных сотрудника, из которых один доктор и один кандидат наук. Итого по отделу 32 человека, из которых 18 научных сотрудников, в том числе 3 доктора наук и 9 кандидатов наук.