Опубликовано более 23 монографий и 17 сборников. Монографически описан ряд крупных ископаемых флор Востока Азии. Открыты новые таксоны, установлена предковая для цветковых группа проангиоспермов. Разработана новая полифилетическая гипотеза о происхождении, путях ранней эволюции и центрах расселения цветковых растений. Разработаны основные положения экосистемной теории эволюции, выдвинут ряд гипотез о движущих силах биологического прогресса, модификационной изменчивости, механизмах видообразования и причинах вымирания видов. В свете экосистемной теории эволюции проанализированы эволюционные события на ряде важнейших рубежей земной истории. Выполнен цикл работ по фитогеографии, эволюции флор и становлению структур палеофитоценозов.      Всесторонне изучены важнейшие группы ископаемых беспозвоночных фанерозоя, имеющие стратиграфическое значение, такие как фораминиферы, кораллы, брахиоподы, аммоноидеи, остракоды Дальнего Востока и других регионов Евразии. Описаны новые виды, роды, семейства. На этой основе решен ряд важных вопросов эволюционной морфологии и теоретической биологии, систематики, палеоэкологии, палеогеографии и биостратиграфии. Коллекционный фонд представлен сотнями тысяч экземпляров окаменелостей.      Изучены механизмы и пути видообразования и дифференциации популяций на примере модельных групп позвоночных животных. Путем сопоставления эволюционных событий на разных уровнях биологической организации оценена роль преобразования отдельных систем. Разработан оригинальный информационный подход в теоретической биологии, включающий концепции наследственного стереотипа и природных коопераций, информационную концепцию видообразования.      Получены кариологические характеристики более 150 видов позвоночных животных. Экспериментально доказан вклад хромосомных изменений в процесс видообразования. Выявлены особенности организации яДНК грызунов с различным характером кариотипической эволюции. Исследована геногеография маркерных белков. На основе применения комплекса генетических методов проведена таксономическая ревизия ряда групп млекопитающих, выяснена история формирования ареалов. Предложено новое объяснение феномена узких гибридных зон. Оценена генетическая опасность техногенных загрязнений среды.      Выявлен ряд общих закономерностей структуры ядерного генома позвоночных и организации нуклеотидных последовательностей ДНК. Изучены структурные особенности ядерного и митохондриального геномов дальневосточных лососей с помощью методов генетической инженерии. Прослежена географическая и временная изменчивость генетического состава популяций лососей, обнаружена утрата гетерогенности митохондриального генома кеты в искусственно поддерживаемых популяциях. Построено филогенетическое древо лососей на основе особенностей митохондриальной ДНК.      В отделе выполняются исследования по 5 грантам РФФИ и ряду грантов ГНТП. грантам фонда Сороса. соглашениям о международном сотрудничестве; координировались 2 международных проекта.