В настоящее время отдел зоологии проводит исследования по четырем темам: Биологическое разнообразие паразитических организмов Дальнего Востока Биологическое разнообразие и функционирование пресноводных экосистем Дальнего Востока Биоразнообразие наземных членистоногих Дальнего Востока Птицы и млекопитающие Дальнего Востока России, фауна, сообщества, мониторинг популяций, проблемы охраны      Зоологами Института была проделана громадная работа по исследованию фауны Дальнего Востока, значительному дополнению списков мало, недостаточно или фрагментарно изученных групп животных (птиц, млекопитающих, прямокрылых, сетчатокрылых и ряда семейств чешуекрылых насекомых, неморских моллюсков, различных гидробионтов). К настоящему времени выяснено современное состояние популяций дальневосточных позвоночных животных, включенных в Красные книги. Выявлены основные региональные характеристики экосистем лососевых рек Приморья, Камчатки.      Исследовано функционирование лососевых экосистем в условиях антропогенного воздействия. Сотрудниками Отдела впервые был исследован видовой состав многих групп насекомых; изучена фауна гельминтов человека, животных и растений ДВ России, Вьетнама; основных промысловых рыб дальневосточных морей и проходных лососевых рыб, а также промысловых рыб Тихого и, частично, Индийского океанов. Описано 1 700 новых для науки видов (в т.ч. свыше 700 видов и подвидов рецентных насекомых и 184 вида ископаемых, более 640 видов гельминтов животных, 150 фитонематод).