Лаборатория пресноводных сообществ преобразована из группы экологии донных сообществ в 1993 г. Помимо заведующего, д.б.н. В.В. Богатова в ее состав входят 7 человек: с.н.с., к.б.н. Л.А. Прозорова, с.н.с., к.б.н. В.А. Тесленко, н.с., Т.В. Никулина, м.н.с., Е.М. Саенко, м.н.с., А.В. Расщепкина, инженер В.В. Марченко и художник Т.А. Ерошенко. Научные сотрудники лаборатории являются специалистами-систематиками по моллюскам, веснянкам и водорослям. Ими описано более 80 новых для науки видов российской фауны, изучен видовой состав перечисленных групп организмов в основных бассейнах Дальнего Востока. Не ограничиваясь рамками таксономии на примере изучаемых групп они также рассматривают вопросы функционирования и экологии пресноводных экосистем, активно участвуют в программах по изучению загрязнения водоемов и сохранения в них видоразнообразия. В лаборатории создана и поддерживается крупная коллекция неморских моллюсков, насчитывающая более 5 тысяч единиц хранения, собранных в основном на Дальнем Востоке России, но также и в прилегающих российских и зарубежных регионах. Осуществляется активное сотрудничество с зарубежными учеными, участие в международных научных программах. В настоящее время сотрудники лаборатории работают по 2 международным и 3 российским грантам. Общее количество статей за 1992-1999 гг. - 70, монографий - 5.