Научные исследования проводятся в рамках основной темы (совместно с лабораторией гидробиологии) "Биологическое разнообразие и функционирование пресноводных экосистем Дальнего Востока", разбитой на 3 раздела: 1 - Моллюски пресных и солоноватых вод, 2 - Амфибиотические насекомые и водоросли пресноводных экосистем, 3 - Закономерности функционирования речных экосистем.   Наибольшее внимание уделяется первому разделу (отвественный исполнитель - Л.А. Прозорова), в котором задействовано 6 из 8 сотрудников лаборатории. Основная цель раздела - изучение фауны, систематики и некоторых сторон биологии неморских моллюсков Дальнего Востока России и сопредельных территорий, выяснение биогеографической картины в данном регионе. На основе рассмотрения внешнего и внутреннего строения моллюсков, их репродуктивной биологии проводится планомерная ревизия пресноводной, солоноватоводной и наземной малакофауны этого обширного региона, изучается ее распределение по бассейнам и районам, экологическая приуроченность разных таксонов, выявляются редкие, эндемичные, нуждающиеся в охране таксоны.      Наряду с изучением моллюсков сотрудники лаборатории исследуют также проблемы функционирования речных сообществ и состав амфибиотических насекомых (в основном веснянок) и водорослей пресных водоемов Дальнего Востока. Рассматривается отношение гидробионтов к неблагоприятным факторам внешней среды, сукцессионные, продукционные процессы в пресноводных экосистемах, биологические методы индикации загрязнения, таксономия и распределение гидробионтов по типам водоемов и биотопов.      Кроме плановой, сотрудники лаборатории работают по нескольким темам РФФИ и ГНТП, а также международному Курильскому проекту (IKIP) по гранту Американского научного фонда. Темами дополнительных исследований являются выявление биоразнообразия Курильского архипелага и изучение дальневосточных крупных двустворчатых моллюсков из малоизученных бассейнов.